Ο κλάδος των λιμένων επίσης βρίσκεται σε φάση αναβάθμισης. Στον Πειραιά, τέθηκε σε εφαρμογή μια σημαντική διοικητική αλλαγή: από τις 8 Σεπτεμβρίου 2025 ενοποιήθηκαν τα τρία Τελωνεία του λιμανιού (1ο, 2ο και 3ο) σε ένα ενιαίο Α’ Τελωνείο Πειραιά . Αυτή η απόφαση της ΑΑΔΕ αποσκοπεί στη διευκόλυνση του εμπορίου και στον εκσυγχρονισμό των διαδικασιών ελέγχου, ενισχύοντας τη θέση της Ελλάδας ως διαμετακομιστικού κόμβου.
Το νέο ενοποιημένο τελωνείο θα εξυπηρετεί όλες τις εμπορευματικές ροές που διαχειρίζονταν ξεχωριστά τα παλιά τελωνεία, παρέχοντας πιο αποτελεσματική εξυπηρέτηση στις εισαγωγές-εξαγωγές. Η μεταρρύθμιση εντάσσεται σε ευρύτερο σχέδιο αναμόρφωσης του τελωνειακού χάρτη, με άξονες την κεντρικοποίηση των ελέγχων και την αξιοποίηση ψηφιακών εργαλείων – π.χ. ενός νέου συστήματος παρακολούθησης επαγγελματικών οχημάτων και εμπορευματοκιβωτίων σε πραγματικό χρόνο.
Σε ό,τι αφορά την διακίνηση εμπορευματοκιβωτίων, το λιμάνι του Πειραιά διατηρεί υψηλή θέση στην Ευρώπη: σύμφωνα με στοιχεία του Α’ εξαμήνου 2025, ο Πειραιάς κατατάσσεται 5ος μεταξύ των ευρωπαϊκών λιμένων σε όγκο container που διακινήθηκαν. (Τα φιλόδοξα επενδυτικά σχέδια της COSCO για τον Πειραιά – αξίας €600 εκατ. – βρίσκονται σε εξέλιξη, περιλαμβάνοντας μεταξύ άλλων την επέκταση του νότιου προβλήτα κρουαζιέρας για πλοία νέας γενιάς και την αναβάθμιση υποδομών διακίνησης εμπορευμάτων.) Στον ΟΛΘ (λιμάνι Θεσσαλονίκης), ολοκληρώνονται οι διαδικασίες για την κατασκευή του 6ου Προβλήτα: πρόσφατα υπεγράφη η σύμβαση έναρξης έργων, που θα επιτρέψει στο λιμάνι να εξυπηρετεί πλέον και υπερμεγέθη πλοία μεταφοράς containers έως 24.000 TEU (κοντέινερ) χωρητικότητας. Η επέκταση αυτή αναμένεται να αυξήσει δραστικά την δυναμικότητα και τον ρόλο του ΟΛΘ ως κύριας πύλης εμπορίου για τα Βαλκάνια. Επιπλέον, σε άλλα περιφερειακά λιμάνια (όπως της Αλεξανδρούπολης και του Ηρακλείου) προχωρούν σχέδια αξιοποίησης και ανάδειξης τους ως κόμβων logistics και ενέργειας, με τη στήριξη τόσο ιδιωτικών επενδύσεων όσο και κρατικών πρωτοβουλιών.
